La publication constitue une exception à la clause de confidentialité ; ses modalités doivent donc être spécifiées dans le contrat de recherche.

Le contrat de recherche précisera les points suivants :

• la durée pendant laquelle il est nécessaire d’obtenir l’accord écrit de tous les partenaires, ou du comité de pilotage s’il existe, pour tout projet de publication. Cette durée, identique ou non à celle de la clause de confidentialité, peut être négociée entre les partenaires au moment de la rédaction du contrat ;
• le délai de réponse des partenaires après réception du manuscrit, au-delà duquel l’accord sera réputé acquis en l’absence de réponse. Ce délai peut être limité à un ou deux mois après réception du manuscrit ;
• la manière de traiter toute demande de modification du manuscrit ou de retard de publication : (1) la demande doit être justifiée par des motifs sérieux et légitimes ; (2) aucune modification susceptible de porter atteinte à la valeur scientifique de la publication ne pourra être exigée ;
• la durée maximale pendant laquelle la publication peut être retardée à la demande d’un partenaire si des informations contenues dans le manuscrit doivent faire l’objet d’une protection au titre de la propriété industrielle. Par exemple, cette durée peut être limitée à 18 mois, à compter de la demande, pour correspondre au délai d’un dépôt de brevet. Les résultats peuvent ainsi être publiés dès le dépôt du brevet.