Il existe plusieurs catégories d’entrepôts de données : institutionnels, pluridisciplinaires, disciplinaires ou thématiques.
Un entrepôt de données peut, en effet, être mis en place et géré au niveau d’un établissement de recherche, on parle alors d’entrepôt institutionnel. Il peut également être créé et géré par une entité publique, associative, ou privée, cas d’entrepôt d’éditeurs destiné à accueillir les jeux de données sous-tendant les résultats présentés dans les articles scientifiques que l’éditeur publie.

Exemples d’entrepôts de données :

• Institutionnels (en France)  : Dataverse Cirad, Datapartage (INRAe), DataSuds (IRD)
• Pluridisciplinaires et internationaux : Zenodo, Dryad, Figshare
• Thématiques ou disciplinaires : GenBank (séquences génétiques), TRY (caractères botaniques), GBIF (biodiversité), Pangaea (sciences de la terre et de l’environnement), WormBase (nématologie), Movebank (mobilité animale), West African Vegetation, DataFirst (enquêtes socio-économiques en Afrique), Protocols.io (protocoles), etc.
• Liés à un éditeur : GigaDB (Oxford Univ. Press), Dataverse Ubiquity Press, Dataverse Economics