La plupart des bases de données, ainsi que certains moteurs de recherche, proposent différentes fonctionnalités de recherche.

• Recherche simple (type Google) et recherche avancée (formulaire)

La recherche avancée permet de rechercher dans des champs spécifiques (exemple : seulement dans le titre) ou de combiner différents critères (exemple : un nom d'auteur et un ou plusieurs mots-clés).

• Index, thésaurus, classifications thématiques

Les index sont utiles pour sélectionner directement une valeur dans la liste de tous les termes utilisés dans un champ. Exemple : un nom d’auteur.
Les thésaurus (liste hiérarchisée de mots-clés) permettent de naviguer d'un mot vers les mots proches, pour choisir celui qui correspond le mieux au sujet qu'on veut traiter.
Les codes de classification thématique attribués à chaque référence précisent la discipline couverte par le document. Ils permettent de mieux cibler une recherche sur un domaine de la science. Exemple : parmi tous les travaux sur une bactérie, sélectionner uniquement ceux en sciences des aliments.

• Limites et facettes pour sélectionner certains résultats

Les limites proposées dans les formulaires de recherche réduisent le nombre de références en fonction de certains critères prédéfinis : types de publication (exemple : les articles), langues (uniquement les documents en français), période (les 3 ou 5 dernières années), etc.
Les facettes sont généralement affichées en colonne à gauche de la liste des résultats, sous la forme de listes cliquables. Elles permettent de réduire a posteriori le nombre de résultats affichés.

• Historique de recherche

L'accès à l'historique de recherche permet d'afficher la liste des requêtes lancées depuis la connexion à la base de données, et de les combiner pour obtenir le résultat le plus pertinent. On trouve ainsi les travaux d'un auteur (Question1) sur un sujet (Question2) en sélectionnant les références qui répondent aux deux critères (Q1 ET Q2). On peut aussi regrouper dans un lot unique les références obtenues par deux requêtes successives, par exemple la recherche d’un mot d’abord dans le titre puis dans les mots-clés (Q1 OU Q2).

• Panier de sélection

Au cours d'une session, on peut y verser les références intéressantes trouvées au fur et à mesure des recherches pour constituer sa propre sélection.

• Fonctionnalités d'analyse rapide des résultats d’une recherche

Certaines bases proposent des éléments d'analyse de la liste de résultats : répartition des références dans le temps, auteurs (ou organismes ou pays) les plus représentés, principales revues, etc.