La transparence, ou l’ouverture, de l’évaluation par les pairs (transparent peer review, open peer review) est très discutée. Les deux expressions sont en général interchangeables — si une différence est proposée, alors la transparence s’adresse plutôt aux identités des intervenants et l’ouverture aux documents d’évaluation.
Le processus est d’autant plus transparent ou ouvert que les options choisies pour les quatre critères (voir point 3) vont dans ce sens pour les identités des intervenants, la publication des contenus, le déroulement du processus et les commentaires après la publication.
L’inclusion, avec davantage de parité et de diversité des relecteurs (géographique, genre, âge, type de carrière, etc.), est aussi une évolution souhaitée (voir l’enquête du COPE, Committee on Publication Ethics : Bias in peer review, October 2021).

De nouvelles pratiques intègrent peu à peu ces évolutions :

• publier puis évaluer, une autre chronologie du processus, c’est-à-dire publier d’abord le manuscrit original de l’auteur puis l’évaluer (voir point 5) ;
• évaluer en deux temps, le protocole puis les résultats : les Registered Reports (voir point 6) ;
• commenter les articles publiés via différentes plateformes (voir point 7).