Les manuscrits soumis à la revue par les auteurs correspondants sont visés par des membres (Editors, Editorial Members) du comité de rédaction (Editorial Board) ; à cette étape, la moitié serait rejetée (c’est variable selon la revue).

Chaque manuscrit retenu est pris en charge par un rédacteur (Editor) qui cherche des relecteurs (en général 2) parmi les auteurs d’autres articles de la revue, les réseaux scientifiques liés à la revue, les auteurs cités dans les références du manuscrit, la liste de relecteurs fournie par les auteurs. Les personnes sollicitées reçoivent d’abord le résumé sur la base duquel elles doivent rapidement accepter ou décliner la sollicitation, afin que la revue puisse trouver d’autres personnes le cas échéant. Cette étape prend quelques jours à quelques semaines.

Chaque relecteur rédige une fiche d’évaluation et un rapport résumant les principaux résultats et implications et argumentant sur les points positifs, les points à revoir ou non acceptables (voir la fiche CoopIST : Être relecteur d'un article scientifique). La plupart des revues ont des conseils aux relecteurs (Guidelines for Reviewers). Si des avis opposés sont produits, le rédacteur peut solliciter une autre personne. Les relecteurs ont en général un délai de 4 à 8 semaines pour évaluer — parfois seulement 2 ou 3 semaines.

Le rédacteur étudie ces avis. Il produit une synthèse et une décision que la revue envoie par email à l’auteur correspondant avec les rapports des relecteurs : cela peut être le rejet ou une demande de modifications importantes ou mineures (major, minor revisions). Dans le cas de modifications, les auteurs ont en général 4 à 8 semaines pour renvoyer le manuscrit révisé avec la lettre répondant aux commentaires des relecteurs (authors’ response to reviewers). Selon la réponse des auteurs, le rédacteur peut solliciter à nouveau les relecteurs. L’article est parfois refusé à l’issue des modifications. Le manuscrit révisé et accepté est appelé postprint (Accepted Author Manuscript, AAM).

Ce déroulement peut appliquer divers modèles d’évaluation (voir point 3), le plus fréquent étant le suivant : évaluation en anonymat simple, les relecteurs communiquant uniquement avec le rédacteur en charge de l’article, et aucune information issue de l’évaluation n’est disponible sur le site de la revue ni communiquée à des tiers.